Las últimas dos décadas le han sabido a gloria de campeón al Motagua.
A partir del torneo Apertura 1997/98, cuando fueron dirigidos por Primitivo Maradiaga, las Águilas han alzado un vuelo triunfador que a veces es alto, a veces bajo, pero se mantienen firmes.
Desde esa liga hasta este 2016, el Ciclón sumó ocho trofeos a su vitrina, en la cual ya tenía seis, para hacer una suma de 14 medallas, número que los convierte en el segundo equipo más ganador del fútbol de Honduras, detrás de Olimpia.
Estos son los títulos ganados por los Azules y su respectivo entrenador
1968/69 Rodolfo Ramirez Godoy
1970/71 Carlos Padilla
1973 Carlos Padilla
1978/79 Nestor Matamala (Chile)
1991/92 Angel Ramon Rodriguez
Apertura 1997/98 Ramón Primitivo Maradiaga
Clausura 1997/98 Ramón Primitivo Maradiaga
Apertura 1999/00 José Treviño
Clausura 1999/00 Luis Chito Reyes
Apertura 2001/02 Gilberto Yearwood
Apertura 2006/07 Ramón Primtivo Maradiaga
Clausura 2010/11 Ramón Primtivo Maradiaga
Apertura 2014/15 Diego Vázquez
Apertura 2016/17 Diego Vásquez
