“Luego de su sonora derrota electoral, el Partido Nacional entró en un período de crisis. Las divisiones se hicieron más evidentes durante la convención anual del partido en febrero de 1994. Sus corrientes más fuertes, los oswaldistas (seguidores de Ramos Soto) y los callejistas, fueron fuertemente cuestionados por agrupaciones más pequeñas que se quejaban de los arreglos secretos entre las dos facciones dominantes. Sin embargo, los seguidores de Callejas y Ramos Soto continuaron acusándose entre sí por la pérdida del poder.
En la siguiente convención de enero de 1995, el decoro partidista fue puesto en entredicho cuando sus delegados llegaron a los puños tras acusaciones de “cocinar” los votos.
“Para principios de 1995, cerca de una docena de miembros del Partido Nacional anunciaron sus intenciones de competir en las nominaciones. Las perspectivas para las elecciones legislativas y presidenciales de 1997 son aún inciertas”. (Rachel Sieder. “Elecciones y democratización en Honduras desde 1980”, pp. 41-42).
“La barrera del 70% de participación se superó de nuevo en las elecciones de 1997, que ganó de forma consecutiva el Partido Liberal con su candidato Carlos Flores Facussé (1998-2002), y única vez que el Partido Liberal superó el millón de votos. Pero esto empezó a cambiar en los comicios de 2005, volvió a ganar, pero con una cantidad de votos inferior a la que obtuvo en 1997. Las elecciones de 2005 son las últimas por las que el Partido Liberal accedió al poder y, a partir de 2009, la pérdida de electores es dramática e indetenible. En estas elecciones (1997), participó por primera vez el partido Unificación Democrática (UD), de izquierda, cuya inscripción en 1993 posibilitaron los Acuerdos de Esquipulas”. (Julieta Castellanos. “Honduras: persistencias y cambios en la cultura política, 1980-2020”, pp. 20, 26). La UD presentó como su candidato presidencial a Matías Funes Valladares.
En 2001, al ser nominado Ricardo Maduro como su candidato presidencial, surgió intensa polémica respecto a su nacionalidad, por el hecho de haber nacido en Panamá. Tales cuestionamientos fueron resueltos por la intervención de la embajada estadounidense y la investigación genealógica realizada por el historiador hondureño Ismael Zepeda.
Resuelta la interrogante de carácter constitucional, Maduro centró su campaña en la promesa de “cero tolerancia” ante la violencia y delincuencia, lema copiado del utilizado por el alcalde neoyorquino Giuliani, lo que le concitó respaldos por parte del voto independiente y organizaciones de la sociedad civil. Su lúcido y coherente programa de gobierno intitulado “Mi compromiso contigo” favoreció su imagen de tecnócrata. Sus vínculos comerciales estimularon la inversión empresarial salvadoreña durante su gestión.
El liberalismo postuló al presidente del Congreso, Rafael Pineda Ponce, y nuevamente el divisionismo se hizo presente al no contar con el respaldo de poderes fácticos, pese a sus credenciales en el rodismo. La victoria favoreció al nacionalismo, con una diferencia superior a 220,000 votos.
