Fallecido Ricardo Zúniga en 1987, el dirigente y eminencia gris del Partido Nacional desde al menos 1963, tras el golpe contra el presidente Villeda Morales, el liderazgo pasó a manos del candidato Rafael Callejas, joven carismático, imbuido del ideario neoliberal de Thatcher y Reagan, resumido en el Consenso de Washington.
El liberalismo postuló como su candidato presidencial a Carlos Flores, el nacionalismo a Callejas, el Pinu a Enrique Aguilar Cerrato, la Democracia Cristiana a Efraín Díaz Arrivillaga.
La victoria electoral favoreció a Callejas, obteniendo el 50.9% de los sufragios, casi un millón de votos, comparados con 776,983 para el candidato liberal Flores, quien obtuvo el 43.1%, un descenso del 9.2% en comparación con el 52.4% de votos recibidos por el liberalismo en 1981. Un grupo de liberales escribió la obra “Anatomía de una derrota”, analizando las causales de la pérdida electoral.
El Pinu y la DC lograron, entre los dos, el 3.2%, pese a la calidad de candidatos presentados por ambas agrupaciones políticas.
Para la politóloga Rachel Sieder, los resultados “fueron indicativos de lo que había estado pasando al interior de los dos partidos principales en los años precedentes. Luego de las elecciones de 1985, la ley electoral fue revisada para implantar elecciones primarias antes de las generales para que los partidos determinaran su liderazgo y sus respectivas nominaciones presidenciales. Después de los excesos autocráticos de la administración de Suazo, elementos progresistas del Partido Liberal hicieron una fuerte campaña para lograr la democratización interna del partido y en 1987 fueron llevadas a cabo elecciones primarias al interior del Partido Liberal bajo la supervisión del Tribunal Nacional de Elecciones. Un proceso similar de democratización interna fracasó dentro de las filas del Partido Nacional, tradicionalmente el partido más reticente a elecciones internas.
Los resultados de las elecciones de 1989 fueron la evidencia de una exitosa renovación que venía dándose en el Partido Nacional y también la habilidad del partido en movilizar a sus bases. Los nacionalistas ganaron 71 bancadas en el Congreso, los liberales 55, y obtuvieron 217 de 289 municipalidades. Los liberales lograron únicamente 72 bancadas municipales, el Pinu con el 1.8% de los votos obtuvo dos asientos en el Congreso y el PDCH logró el 1.4% de la votación general pero ninguna representación en el Congreso. Los resultados electorales a través del país mostraron el debilitamiento de los lazos tradicionales de lealtad hacia los dos partidos tradicionales. La sonora derrota del Partido Liberal fue atribuida, por muchos, al interior del partido como resultado de la insuperable lucha interna por la nominación presidencial que ha contribuido en divisiones posteriores y separaciones de algunos de sus miembros”. (“Elecciones y democratización en Honduras desde 1980”, pp. 33-35)
