Un estudio realizado por el médico Enrique Aguilar Paz ofrece una visión integral de la multifacética personalidad del prócer, tanto en los aspectos de su vida pública como privada. Uno de ellos es el de navegante.
Al efecto escribe: “En enero de 1842 regresa de Lima, Perú, a Chiriqui… De allí se embarca a Tarcoles, Costa Rica. Después sigue el viaje en el bergantín Cruzador hasta La Unión, El Salvador, el cual se lo había alquilado al capitán Roberto Marshal. En La Unión organizó una verdadera flota, integrada por cinco navíos: El Cruzador, la goleta Isabel II, propiedad del general Isidoro Saget; el bergantín Cosmopolita, que le alquiló al francés Juan de Iriarte; arrendó también la goleta Josefa a un comerciante de Puntarenas, y la goleta Asunción Granadina al costarricense Francisco Giral.
Con esta flota realiza la primera operación anfibia hecha en Centro América independiente, atracando en Acajutla y llegando con sus infantes de marina hasta Sonsonate. Después establece su base naval en la isla de Martin Pérez, en donde toma la resolución de reanudar la lucha unionista por salvar a la Federación, esta vez desde el sur, desde Costa Rica (El otro Morazán, el desconocido. Tegucigalpa, Universitaria, 1998, p. 8).
La documentación existente en el Archivo Nacional de Honduras, “Antonio R. Vallejo”, Fondo Federal, contiene diversos legajos sobre el uso de navíos por parte del Héroe, en un postrer intento por reunificar al istmo, ya casi fragmentado debido al separatismo local y la interferencia británica. Se reproduce el título de algunos expedientes a fin de motivar a los investigadores para ahondar en el conocimiento e interpretación de este ilustre personaje, su época y las circunstancias en que transcurrió su existencia.
-Jefe Político del Departamento de Olancho. Comunicación dirigida al Sr. Ministro de Relaciones Exteriores del Gobierno Supremo del Estado, sobre la noticia que da el Tte. Cnel. Concepción Cardona, de que Morazán había desembarcado con seiscientos hombres en el puerto de Conchagua- Juticalpa, enero 28, 1842.
-Gobierno Político e Intendente del Depto. Los Comisionados y el ciudadano Juan de Dios Matus, Oficial del Depto. De Choluteca ha venido de Texiguat y comunica que el Gral. Morazán ya había desembarcado en La Unión, y que se regresa para San Miguel. Liure, febrero 26, 1842.
-Ejercito del Salvador. Comunicación dirigida al Sr. Ministro del Supremo Gobierno del Estado, sobre que se ha embarcado el faccioso Morazán en tres buques, llevando consigo la que tenía con rumbo para La Libertad. San Vicente, marzo 2, 1842.
-Comandancia General de la División de Operaciones. Nota dirigida al Sr. Ministro de Guerra y Marina del Supremo Gobierno del Estado, sobre los tres boyas que desertaron de los buques de Morazán. Goascorán, abril 30, 1842.
-Gral. Jefe del Estado del Salvador. Comunicación dirigida al Sr. Ministro General del Supremo Gobierno de Honduras de la orden dada al Comandante Guardiola, para que siga con la fuerza de su mando hasta San Miguel, por convenir así a las operaciones militares y sobre el desembarque de Morazán en el puerto de Sonsonate. Cuartel General en Jucuapa, marzo 3, 1842.
-Ministerio Gral. Del Gobierno Supremo del Estado de Nicaragua. Copia de la correspondencia dirigida al Gral. Del Ejército del Salvador, Francisco Malespín, sobre que esperan que Morazán y su tropa estén a bordo de los buques dirigiéndose a La Libertad. León, marzo 7, 1842.
-Gobierno Político del Estado de Honduras. Correspondencia dirigida al Sr. Ministro de Guerra del Supremo Gobierno del Estado, sobre la desaparición de Morazán con sus buques del puerto de La Unión y demás puntos por donde surcaba inmediatos a dicho puerto. Yoro, abril 14, 1842.
-Comandancia Gral. de la División de Operaciones. Correspondencia dirigida al Sr. Ministro de Guerra y Marina del Gobierno Supremo del Estado de Honduras, sobre la noticia equivocada que dieron el Tte. Cnel. José María Matute y el Capitán Víctor Díaz procedentes de Nacaome, de que Morazán había desembarcado y que se hallaba en Granada, y sin ser cierto habiendo hecho en Punta Arena de Costa Rica…Goascorán, abril 23, 1842.
-Comandante e Intendente de Honduras. Correspondencia dirigida al Comandante General de las Armas del Estado, sobre el parte dado por el Gral. Presidente que se ha servido insertar la comunicación relativa sobre haber evacuado Morazán y sus buques la había de la costa del Salvador, e impuesto de la vigilancia y trabajo en la seguridad del Estado y se teme que dicho Morazán desembarque en Nicaragua. Trujillo, mayo 4, 1842.
-Comandancia General de la División de Operaciones. Correspondencia dirigida al Comandante General José Julián Tercero, sobre la comunicación dada por el Ministro General del Supremo Gobierno de Nicaragua, de que Morazán se haya en el puerto del Guanacaste, haciendo preparativos de guerra para invadir aquel Estado tanto como por tierra como por agua. Choluteca, mayo 23, 1842.
-Comandancia de Armas del Departamento de Olancho. Correspondencia dirigida al Sr. Ministro de Guerra y Marina del Supremo Gobierno del Estado, sobre que Morazán pretende introducir tropas por el puerto de La Criba con miras de revolucionar este departamento y ocupar la atención del Gobierno para impedir que preste los auxilios que debe a los del Salvador y Nicaragua. Comayagua, noviembre 10, 1842.
-Comandancia de Armas del Depto. de Olancho. Sobre que por acuerdo del Supremo Gobierno suspenden vigilancia sobre la costa de Río Tinto y Agalta a virtud de haber desaparecido Morazán. Juticalpa, noviembre 27, 1842.
-Comandancia de Trujillo. Correspondencia dirigida al Sr. Ministro de Guerra y Marina del Supremo Gobierno del Estado, sobre la desaparición y muerte del invasor Morazán remitida oficialmente de Costa Rica. Trujillo, diciembre 4, 1842.
-Comandante Expedicionario de la Frontera del Sur. Comunicación dirigida al Sr. Ministro de Guerra y Marina del Supremo Gobierno del Estado, sobre que los costarricenses habían destruido a Morazán y toda su ordafiera. Nacaome, octubre 10, 1842. (Documento firmado por Santos Guardiola).
-Gobernador Político e Intendente del Departamento Choluteca. Comunicación dirigida al Ministro de Relaciones del Supremo Gobierno de Honduras sobre la persecución contra Morazán y sus satélites hasta el puerto de La Unión por el General Malespín con setecientos hombres, causando en el ataque muchos muertos entre ellos el Brigadier Trinidad Cabañas.
Choluteca, marzo 3, 1842
NOTA: se ha respetado la ortografía original
* Con esta flota realiza la primera operación anfibia hecha en Centroamérica independiente, atracando en Acajutla y llegando con sus infantes de marina hasta Sonsonate. Después establece su base naval en la isla de Martín Pérez.