Fue la actividad económica que le otorgó personalidad distintiva a la provincia de Honduras desde el siglo XVI hasta finales del XIX. Los depósitos argentíferos fueron los más abundantes, solamente superados por los de la Nueva España y Alto Perú. Los auríferos ocuparon segundo lugar después de los de la Nueva Granada. Para el geógrafo Robert C. West, la minería estableció el patrón para el poblamiento de la región central, en donde se concentraban los asentamientos indígenas, estimulando otras actividades: agricultura y ganadería en los valles del interior, proporcionando carne, cueros, sebo, mulas, comercio, producción de sal en el Golfo de Fonseca.
Inicialmente se explotaron las arenas auríferas de los ríos que desembocan en el Caribe: Aguán, Guayape, Chamelecón, los que riegan el valle de Quimistán, particularmente entre 1530 a 1560, empleando esclavos africanos. Para 1560 se estimaba que del Guayape se había lavado oro por un valor aproximado de 1,750,000 pesos. En Trujillo, San Pedro Sula y Gracias se fundía el oro, convertido en barras, deduciéndose el 20% (quinto real) para la Corona. Consúltese “Minería aurífera, esclavos negros y relaciones interétnicas en la Honduras del siglo XVI (1524-1570)”, por Pastor Gómez Zúñiga.
Posteriormente se empezó a explotar el oro y plata del interior, empleando indígenas de repartimiento. Estos nuevos hallazgos causaron que la principal actividad económica se desplazó de la costa norte hacia las tierras altas del interior, descubriéndose el mineral de Guasearan en 1569, utilizando para su extracción los indígenas de Ojojona y poblados aledaños, Agalteca (1575), San Marcos, Veta Gorda, Nuestra Señora de la O (1576), Santa Lucía (1578), estableciéndose la villa de Tegucigalpa “como asiento de minas”, en donde ya existía un asentamiento indígena. Junto con Comayagua fueron los centros administrativos que abastecían a las minas. En esta estaba la fundición en donde se deducía el 20% destinado al Rey. Léase “Ilusión minera y poder político: la Alcaldía Mayor de Tegucigalpa, siglo XVIII”, por Luis Taracena Arriola.
El siglo XVII fue decadente en la producción minera. West cita como factores: tecnologías metalúrgicas rudimentarias, insuficientes capitales para adquirir esclavos y construir refinerías, altos costos operativos y elevadas tasas de interés sobre préstamos, insuficiente cantidad de mercurio necesario en el proceso de amalgamiento, escasez de mano de obra indígena. La Corona redujo el 20% al 10% destinado a sus arcas. En el XVIII la minería fue sobrepasada por la ganadería como la principal actividad económica de la Honduras colonial, si bien se localizaron depósitos minerales en Yuscarán. Luis Mariñas Otero designa a estas dos etapas como la “edad de los metales y edad del cuero”. Los mineros artesanales, mulatos y mestizos, llamados güirises o gurruguces, laboran hasta la actualidad minas abandonadas para extraer, arriesgando sus vidas, restos de mineral. El Corpus es un ejemplo de ello.