Desde la Conquista a la actualidad, la población del istmo ha padecido, y sigue padeciendo, los efectos devastadores de diversas pandemias, mismas que históricamente han incidido particular, pero no exclusivamente, en la etnia indígena.
Los españoles y sus esclavos negros eran portadores de virus para los cuales nuestros ancestros no contaban con defensas orgánicas que pudieran contrarrestarlos, por el hecho que se trataba de gérmenes patógenos desconocidos en el Nuevo Mundo. El sarampión y la viruela fueron las principales enfermedades importadas desde Europa y África que provocaron hecatombes demográficas entre los aborígenes. Entre 1545 a 1548 ocurrió el primer gran descenso poblacional, exacerbado por el sometimiento a trabajos forzados intensivos -esclavitud primero, encomienda después- y a la deportación de indígenas hacia el Caribe y Perú, que contribuyeron a reducir significativamente el total poblacional indígena. De manera cíclica, nuevos brotes epidémicos afectaron a los habitantes del área. La costa caribeña se encontraba muy poco poblada en razón de la fiebre amarilla. Fue hasta 1780 cuando se aplicó por vez primera la vacuna contra la viruela en el Reino de Guatemala. Para esa fecha, salvo en Guatemala, los indios eran ya una minoría en total de los pobladores centroamericanos, siendo desplazados numéricamente por los mestizos. En 1837, la República Federal fue afectada por el cólera, vía Belice. Conservadores y sacerdotes católicos realizaron guerra psicológica entre los indígenas, achacando al régimen Liberal del presidente Morazán y el jefe de Estado Gálvez de envenenar los ríos para despojarlos de sus tierras y entregarlas a colonos protestantes europeos. La implantación de cordones sanitarios y cuarentenas en las áreas afectadas fueron medidas implementadas por el gobierno, con resultados positivos limitados. El pánico ante la epidemia favoreció política y militarmente a Rafael Carrera y sus seguidores, opuestos a las reformas implementadas por los liberales. La invasión filibustera a Nicaragua en 1855, encabezada por Walker, fue eventualmente derrotada por los ejércitos centroamericanos, el apoyo inglés y el cólera. Médicos y naturistas han contribuido a combatir enfermedades, aplicando ciencia y sabiduría popular. En 1867 Francisco Cruz publicó el libro “Flora medicinal: la botica del pueblo”. La explotación agrícola en escala comercial en las costas caribeña y del Pacífico necesitó previamente erradicar, parcialmente, la malaria y fiebre amarilla, desecando pantanos. Campañas de vacunación masiva lograron erradicar la poliomielitis en el siglo XX. Se ha reducido el parasitismo intestinal y la tuberculosis, pero aumenta la diabetes, desnutrición y enfermedades cardíacas debido al consumo masivo de comida chatarra introducida por las multinacionales, sin regulaciones estatales al respecto.
Nuevos retos sanitarios han irrumpido: VIH-sida, dengue, coronavirus, poniendo a prueba la capacidad de prevención y reacción estatal y social ante estas enfermedades. La tendencia hacia la privatización de los servicios públicos, el deterioro ambiental provocado por el modelo económico extractivista y la corrupción agudizan la precariedad sanitaria de las mayorías centroamericanas.
