Tanto en su condición de Presidente de la República Federal como de ciudadano en el auto-impuesto exilio, el prócer siempre estuvo presto a resguardar la integridad y soberanía patria.
En 1832 ocurrió una triple invasión a suelo ístmico, coordinadas simultáneamente por los enemigos de la nación, centroamericanos y extranjeros. Manuel José Arce penetró por Soconusco; Vicente Domínguez capturó Trujillo y Ramón Guzmán junto a Antonio Fernández, ambos de nacionalidades hispanas, se apoderaron de la fortaleza de Omoa, izando la bandera española, pretendiendo hacer retroceder a Centroamérica al pasado colonial, del cual recién se había liberado.
Desde Guatemala, Morazán despachó tropas para vencer a los contrarrevolucionarios, en cumplimiento del juramento prestado al asumir la presidencia: velar por el honor nacional, portando tanto la ley como las armas. Tras diez meses de contraofensiva, se derrotó a los alzados, capturándose a Domínguez y Guzmán, siendo fusilados. Entre las bajas federales, en número mayor a cincuenta, perecieron en cumplimiento del deber los coroneles José Antonio Márquez, José María Gutiérrez, José del Rosario López Plata y el oficial Calixto Carías. La República se había salvado gracias al heroísmo y patriotismo del ejército. En 1839, estando Morazán en el destierro que duraba ya veintidós meses, presto a trasladarse de Perú a Chile, le llegó notificación en la que el Jefe de Estado de Nicaragua apelaba a los centroamericanos para repeler la agresión inglesa que habíase apoderado de las Islas de la Bahía y, por mediante de sus aliados misquitos, del puerto de San Juan del Norte, punto de partida del proyectado canal interoceánico. El imperialismo británico mostraba su ambición por el control de la estratégica ruta canalera que acortaría las distancias entre los mares, de la cual era prácticamente dueña merced a su indisputado poder naval y financiero.
El 22 de febrero de 1842, ya en el puerto de La Unión, envía comunicación al Presidente salvadoreño, ofreciendo un buque armado y su tripulación de voluntarios. “Señálesenos el lugar que debemos ocupar y el jefe a quien obedecer, y la manera con que cumplamos las órdenes de los gobiernos de los Estados será la mejor garantía de las sanas intenciones que nos han conducido a la República”. Propone intentar llegar a un arreglo negociado con Londres, por cuanto “las armas son medios usados por los que carecen de razón y la que tienen los centroamericanos en la cuestión presente, no puede admitir duda ni por aquellos que se han posesionado de una parte de nuestro territorio... Pero si... no se pudiese lograr una transacción honrosa para la República, quedará por lo menos a los centroamericanos, la satisfacción de haberla procurado y de acreditar al mundo entero que si se les coloca entre la humillación y la guerra, elegirán siempre el último partido, aún cuando tengan la certeza de no poder salvar más que el honor”.
